cleanup v1.8 NEWS bullets

Bump AM to 1.14 for v1.8

linux/mic: add a MICSerialNumber info attribute when running inside the MIC

OMPI people want an easy way to recognize MICs and nodes using hwloc.
We already have MICSerialNumber inside OS devices in the host topology,
add the same to the root object of MIC topologies.
Unfortunately, we couldn't find anything better than parsing /proc/elog
to find that number.

hwloc-compress-dir: allow to uncompress with -R

Modify the test case a bit because the input XMLs weren't totally perfect.

hwloc-patch: add support for automatically guessing the input topology filename from the XML refname

You may do "hwloc-patch refname foo.diff.xml", it will replace "refname"
with the topology that was used as a reference when generating the diff.

tools: Add --whole-system and --restrict for uniformity

Add --whole-system to hwloc-bind, hwloc-calc, hwloc-distances and
hwloc-distrib, and add --restrict to hwloc-bind for uniformity among
tools.

Based on http://www.open-mpi.org/community/lists/hwloc-users/2013/10/0908.php

contrib/update-my-copyright.pl: fix git status parsing for non-english locales

Pass LANG=C to git status so that we properly recognize modified files.

Fix make_nightly_snapshot processing.

Leave *only one place* where "git desribe" is invoked and set into the
snapshot_version field in VERSION: the make_nightly_snapshot script.
distscript.csh no longer twiddles the VERSION file.

Updates for tarball generation to handle new git infrastructure.

- No longer download latest config.sub|guess in distscript.csh; the
  GNU Autotools are updated frequently enough these days that the
  bundled versions are fine
- Rename nightly/create_tarball.sh -> nightly/make_snapshot_tarball
- Add "snapshot" and "snapshot_version" fields in VERSION; removed
  want_repo_rev and repo_rev fields
- Updated make_dist_tarball and make_snapshot_tarball to handle git
- Do not handle SVN or Mercurial repos any more
- Somewhat simplified hwloc_get_version.sh:
  - Never fill in a repo version number; always just report what is in
    VERSION already (and error out if there's not enough information
    in VERSION).  Only distscript.csh will insert a value into
    VERSION:snapshot_version (when needed).
  - Removed extra CLI options (e.g., get major/minor/etc. version
    number components)

Update to only handle Git repos.

No longer handle SVN or Mercurial repos.

Convert SVN URLs to git URLs in documentation.

Update .gitignore.

tests/embedded: improve version extraction

Avoid troubles when the tarball name contains another instance of 'tar'.

utils/tests: add hwloc-compress-dir

This commit was SVN r5816.

Add hwloc-compress-dir utility

It takes a directory of XML topologies and compresses it by using
hwloc-diff to store as many topologies as diffs as possible.

This commit was SVN r5815.

utils/manpages: fix the layout of the DESCRIPTI...

utils/manpages: fix the layout of the DESCRIPTION section

This commit was SVN r5814.

hwloc-assembler-remote: Fix typo in usage and a...

hwloc-assembler-remote: Fix typo in usage and abort-out on unknown option with a single dash

This commit was SVN r5813.

doxy: sync the list of supported platforms with...

doxy: sync the list of supported platforms with the website

This commit was SVN r5812.

Bump HWLOC_API_VERSION to 0x00010800

We added at least  topology_dup() and the diff interface.

This commit was SVN r5811.

hwloc-calc.h: make location parsing more reliab...

hwloc-calc.h: make location parsing more reliable and add useful error messages

Use strtol() instead of atoi() when parsing type strings, depth, and ranges,
and error-out if some spurious characters are found.
Will avoid unexpected results when using wrong separators.

Thanks for Bertrand Putigny for reporting the problem by mistake.

This commit was SVN r5810.

core: don't debug_check the topology consistenc...

core: don't debug_check the topology consistency too early during dup()

This commit was SVN r5809.

diff: use hwloc_uint64_t instead of uint64_t

This commit was SVN r5808.

doc: add missing dependency from diff manpages ...

doc: add missing dependency from diff manpages on the doxytag

This commit was SVN r5807.

doc: Enable doxygen on hwloc/diff.h and add som...

doc: Enable doxygen on hwloc/diff.h and add some specific paragraphs about it

This commit was SVN r5806.

utils/tests: add hwloc-patch/hwloc-diff test

This commit was SVN r5805.

utils: Add hwloc-diff and hwloc-patch tools for...

utils: Add hwloc-diff and hwloc-patch tools for manipulating XMLs of topologies and diffs

This commit was SVN r5804.

tests: add hwloc_topology_diff.c

This commit was SVN r5803.

diff: implement XML import/export

This commit was SVN r5802.

Add a new hwloc/diff.h interface for listing di...

Add a new hwloc/diff.h interface for listing differences between topologies

Only the core diffing/patching functions are implemented,
XML import/export isn't yet.

This commit was SVN r5801.

tests: Add hwloc_topology_dup.c

This commit was SVN r5800.

API: Add hwloc_topology_dup()

Useful for keeping a backup while modifying a topology.

This commit was SVN r5799.

core: don't duplicate distances when duplicatin...

core: don't duplicate distances when duplicating objects

These distances are recreated at the end of the build
(except in custom topologies because multinode distance
 matrices are not well supported. Refs #48).

This commit was SVN r5798.

core: also duplicate online/complete/allowed se...

core: also duplicate online/complete/allowed sets when duplicating objects

This commit was SVN r5797.

core: abstract-out hwloc__duplicate_object()

This commit was SVN r5796.

nolibxml: add support for child tag without att...

nolibxml: add support for child tag without attributes

(wasn't needed so far, since the <topology> root tag is handled manually)

This commit was SVN r5795.

nolibxml: abstract out the code that reads a XM...

nolibxml: abstract out the code that reads a XML file from disk

This commit was SVN r5794.

utils: add line breaks to Makefile.am, things a...

utils: add line breaks to Makefile.am, things are way too long there

This commit was SVN r5793.

headers: move the header file documentation to ...

headers: move the header file documentation to groups

We don't have a file index, so putting doxygen docs in the file
header is almost useless. Move/add interesting things to the
doxy groups underneath so that it actually appears in the generated
doc.

By the way, update the README.

This commit was SVN r5792.

linuxpci: Remove some dead code and a memory le...

linuxpci: Remove some dead code and a memory leak

That code isn't needed anymore, we use pci-common.c for finding
the locality of hostbridges.

Found by Coverity Scan.

This commit was SVN r5791.

lstopo: fix a possible invalid sizeof()

Found by Coverity Scan.

This commit was SVN r5790.

distances: don't attach the matrix to Misc obje...

distances: don't attach the matrix to Misc objects

Those have a special depth, it would mess up the distance relative_depth

This fixes tests/hwloc_insert_misc on NUMA platforms.

This commit was SVN r5789.

pci: make sure we don't export empty names (kee...

pci: make sure we don't export empty names (keep them NULL instead)

XML imports NULL instead of "", so uniformize things a bit to avoid spurious differences.

By the way, clarify how that name is used in the debug printf.

This commit was SVN r5788.

configure: improve the PCI probe summary (again...

configure: improve the PCI probe summary (again)

This commit was SVN r5787.

linux: fix a undefined warning about hwloc_linu...

linux: fix a undefined warning about hwloc_linux_parse_cpuset_file()

Move it in the same #ifdef as its only caller.

This commit was SVN r5786.

lstopo.1: add an example from Jirka with --appe...

lstopo.1: add an example from Jirka with --append-legend

This commit was SVN r5785.

Bring 1.7.2 NEWS bullets into trunk

This commit was SVN r5781.

linux: Fix a bitmap leak when reading the "poss...

linux: Fix a bitmap leak when reading the "possible" cpuset in hwloc_linux_find_kernel_nr_cpus()

(introduced in r5730)

This commit was SVN r5777.

The following SVN revision numbers were found above:
  r5730 --> 8fa27b3aa5d6b1f24927ad981281ed0bb78eea14

lstopo: add --append-legend for the graphical o...

lstopo: add --append-legend for the graphical output

This commit was SVN r5776.

Don't forget to add the new include/hwloc/depre...

Don't forget to add the new include/hwloc/deprecated.h

This commit was SVN r5775.

Move deprecated functions to hwloc/deprecated.h

Only hwloc_obj_snprintf goes there for now
(it has been documented as deprecated for a long time).

This commit was SVN r5774.

Remove remaining references of long-gone hwloc_...

Remove remaining references of long-gone hwloc_get_system_obj()

This commit was SVN r5773.

doxy: document OFED Port%uState and make things...

doxy: document OFED Port%uState and make things more clear around there

This commit was SVN r5768.

tests/linux: update new MIC output

This commit was SVN r5764.

linux/mic: gather the serial number (available ...

linux/mic: gather the serial number (available in recent MIC drivers)

This commit was SVN r5762.

doxy: document other MIC info attributes

This commit was SVN r5761.

NEWS: reorder v1.8 bullets

This commit was SVN r5760.

lstopo(1): talk about --horiz/--vert in LAYOUT

This commit was SVN r5759.

lstopo: add a lstopoStyle info attribute to cha...

lstopo: add a lstopoStyle info attribute to change colors

This attribute must be a semi-colon-separated list of "<attr>=#xxyyzz".
<attr> can be Background (to change the box color), Background2
(other box color), Text (main text color) or Text2 (other text color).
Numbers are hexidecimal, truncated to [0-255].
Details in CUSTOM COLORS in the lstopo(1) manpage.

Suggested by Jirka Hladky.

This commit was SVN r5758.

hwloc-annotate(1): fix examples

This commit was SVN r5756.

hwloc-annotate: add --ri to replace/remove exis...

hwloc-annotate: add --ri to replace/remove existing info attrs with given name

This commit was SVN r5755.

hwloc-info: support all and root locations for ...

hwloc-info: support all and root locations for dumping information about the root object

This commit was SVN r5754.

hwloc-info.1: fix indentation in the synopsis

This commit was SVN r5752.

tests/linux: update outputs with ofed port stat...

tests/linux: update outputs with ofed port state

This commit was SVN r5751.

linux: add a Port%uState info attribute to ofed...

linux: add a Port%uState info attribute to ofed OS devices

This commit was SVN r5750.

doc: update DOX_TAG dependencies after doc/sect...

doc: update DOX_TAG dependencies after doc/sections rework

(This fixes parallel builds)

This commit was SVN r5749.

hwloc_pci_find_cap(): Remove config space size ...

hwloc_pci_find_cap(): Remove config space size checks

The caller must now pass a 256-byte config space,
we can remove several checks.

This commit was SVN r5748.

pci: Always use a 256-byte config space

Initialize everything to 0xff (unknown) before reading the config space,
remove useless size checks everything, and rely on the callee to actually
check things it reads (it already did).

libpci doesn't report the length of the config space it actually reads,
so we can't safely rely on config space size checks. So this actually stop
using unitialized config space data when not running as root
(between 65th and 256th bytes, where we look for capabilities and link speed).

This commit was SVN r5747.

hwloc_pci_prepare_bridge: Move config space man...

hwloc_pci_prepare_bridge: Move config space management size to the caller

Just document that this function needs 64 bytes of common configuration header.

This commit was SVN r5746.

hwloc_pci_find_linkspeed: Move config space man...

hwloc_pci_find_linkspeed: Move config space management size to the caller

Just document that this function needs 20 bytes after offset.

This commit was SVN r5745.

API/doc reorg: NEWS and doc updates

This commit was SVN r5744.

API/doc reorg: Fix remaining section names

This commit was SVN r5743.

API/doc reorg: move alloc_membind helpers to fr...

API/doc reorg: move alloc_membind helpers to friends into hwloc.h and rename the remaining section accordingly

This commit was SVN r5742.

API/doc reorg: cleanup cpu/node sets helpers

This commit was SVN r5741.

API/doc reorg: cleanup ancestor/child/cache/mis...

API/doc reorg: cleanup ancestor/child/cache/misc sections

This commit was SVN r5740.

API/doc reorg: better names for plugins and int...

API/doc reorg: better names for plugins and interoperability sections

This commit was SVN r5739.

API/doc reorg: merge sections about finding cov...

API/doc reorg: merge sections about finding covering objects

This commit was SVN r5738.

API/doc reorg: move tinker/xmlexport to the end...

API/doc reorg: move tinker/xmlexport to the end of hwloc.h

This commit was SVN r5737.

API/doc reorg: Move all depth/type/levels funct...

API/doc reorg: Move all depth/type/levels functions together in the same section

This commit was SVN r5736.

API/doc reorg: Move get_flags() and is_thissyst...

API/doc reorg: Move get_flags() and is_thissystem() near the set() functions

This commit was SVN r5735.

API/doc reorg: Move the topology type declarati...

API/doc reorg: Move the topology type declaration near create/destroy

(to avoid yet another doc section)

This commit was SVN r5734.

API/doc reorg: Move inline code from hwloc.h to...

API/doc reorg: Move inline code from hwloc.h to hwloc/inlines.h

This commit was SVN r5733.

API/doc reorg: Add hwloc/inlines.h

Empty for now, will be used for inline code that we'll move out of hwloc.h

This commit was SVN r5732.

See http://sourceware.org/bugzilla/show_bug.cgi...

See http://sourceware.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=15630 for the bug report, and http://sourceware.org/ml/libc-alpha/2013-07/msg00288.html for the discussion: glibc's sched_getaffinity may stop returning EINVAL as an indication of a too small cpu_set_t, because applications using static cpu_set_t do not have a way to overcome. It happens that since at least 2.6.32, linux provides exactly what we want in /sys/devices/system/cpu/possible, so let's use that too.

This commit was SVN r5730.

core: Don't propagate nodesets into Misc object...

core: Don't propagate nodesets into Misc objects added by parent

Those have no cpusets, we don't want nodesets either.

This commit completes r5710:
  core: fix support for Misc objects added by parent

This commit was SVN r5725.

The following SVN revision numbers were found above:
  r5710 --> 6af99e820bd7c0f266ffd782185c9f099ceb08dc

Fix/cleanup misc object depth

Misc can be added though insert_by_parent (load from XML) or explicit
insert_misc_by_parent/cpuset(). So move the actual setting of their
depth or these, instead of trying to do it during level build
since Misc objects are kind of ignored there anyway.

This fixes tests/hwloc_insert_misc when debug is enabled
(depth was 0 instead of -1 when reloading from XML).

This commit was SVN r5724.

xml: improve error messages when failing to loa...

xml: improve error messages when failing to load from XML

This commit was SVN r5722.

tests/linux: add a test case with PCI + 1 MIC u...

tests/linux: add a test case with PCI + 1 MIC using the new driver

It experience the regular code (instead of directlookup hacky code),
the one used when the driver creates sysfs symlinks as expected.

This commit was SVN r5721.

gather: Stop gathering /sys/class/virtual/mic

Only outdated Xeon Phi driver use this, recent ones use sysfs properly.

This commit was SVN r5720.

linux: optimize the lookup of Xeon Phi's / MICs

Recent Xeon Phi drivers properly setup sysfs symlinks between mics
and pci devices. The usual lookup is therefore now the expected code.
Make sure the directlookup hack for older drivers doesn't run in
that normal case: have the first try detect things so that we never
try it again.

This will also reduce the number of useless lookups on non-MIC machines.

This commit was SVN r5719.

tests/linux: add a test case with PCI + 2 MICs ...

tests/linux: add a test case with PCI + 2 MICs using the old driver

It experience the directlookup hacky code (when the driver doesn't
create sysfs symlinks as expected).

This commit was SVN r5718.

tests/linux: 40intel64-2g2n4c+pci only needs 2 ...

tests/linux: 40intel64-2g2n4c+pci only needs 2 bridge localities

We detect two host bridges properly in linuxpci now, other
bridges are behind those, they don't need explicit locality.

This commit was SVN r5717.

linux: get_obj_cpuset() callback needs to work ...

linux: get_obj_cpuset() callback needs to work on modified fsroot too

Testing on any other PCI-enabled topology chroot requires this.

The single test with PCI in tests/linux/ defines pci bridge locality
using environment variable, so it didn't raise this assertion.

This commit was SVN r5716.

pci-common: cleanup configsize checks in common...

pci-common: cleanup configsize checks in common routines

This commit was SVN r5715.

tests/hwloc_insert_misc: Add more objects and c...

tests/hwloc_insert_misc: Add more objects and check that XML import/export works fine

This commit was SVN r5711.

core: fix support for Misc objects added by par...

core: fix support for Misc objects added by parent

Looks like nobody ever tried to load a XML that contains a Misc
added by parent, it has been broken for ever.

When added by cpuset, Misc get a cpuset as any object. Nothing to do.
When added by parent, they become a new leaf, so they need either empty
or NULL sets. Empty sets require lots of hacks to be properly handled by
the core (so that they don't get ignored). So we keep using NULL sets
instead and just fix a couple places to properly handle them (like I/O).

By the way, cleanup the addition of default object sets.

Thanks to Jirka Hladky for the report.

This commit was SVN r5710.

pci: don't read subvendor/device from config sp...

pci: don't read subvendor/device from config space for bridges

It's available somewhere else, we'll see later if we want it.

This commit was SVN r5706.

pcilinux: prefix PCI_CLASS_NOT_DEFINED

This commit was SVN r5705.

pci: factorize-out the bridge detection code

This commit was SVN r5704.

pci: move hwloc_pci_find_cap/linkspeed() to pci...

pci: move hwloc_pci_find_cap/linkspeed() to pci-common.c

This commit was SVN r5703.

linuxpci: Update documentation and configure wa...

linuxpci: Update documentation and configure warning

This component only misses device names. Everything else
is equal to what you would get with libpci or libpciaccess.

This commit was SVN r5702.